### Carte des départements en fonction des nouvelles hospitations
# ce code s'exécute après dataFR.R pour en récupérer les données
library(sp)
library(rgdal)
library(RColorBrewer)
library(classInt)
library(ggplot2)
library(maptools)
library(mapproj)

# chemin des données cartographiques - récupérer les fonds de carte comme OSM ... 
pathToShp <- "../FRA_adm/"
# Création de la palette de couleur
palette <- brewer.pal(n = 5, name = "YlOrRd")
#La détermination des classes des hospitalisations est au 1er avril
dataNxCasDepDate <- dataCovidFRdep %>% filter(jour == "2020-04-01")
# Découpage du nombre de nouvelles hospit en 5 classes via les quantiles
classNxCas <- classIntervals(dataNxCasDepDate$incid_hosp, 5, style="quantile")

## Préparation des données
dataNxCasDepDate <- dataCovidFRdep %>% filter(jour == dateTitre | jour == date_7 | jour ==date_14 |jour == date_21) %>% select(c(jour, incid_hosp, dep))
dataNxCasDepDate$nxHopsCat <- as.character(cut(dataNxCasDepDate$incid_hosp, breaks = classNxCas$brks,
                                           include.lowest = TRUE, right = FALSE))
dataNxCasDepDate <- dataNxCasDepDate %>% mutate(nxHopsCat = factor(nxHopsCat, levels = c("[0,6)","[6,13)","[13,24)","[24,46)","[46,387]")))

##Cartographie avec ggplot
depCarto <- readOGR(dsn = pathToShp, layer="FRA_adm2", stringsAsFactors=FALSE)
FRA_adm2 <- read_csv("../FRA_adm/FRA_adm2.csv") %>% select(c("ID_2","NAME_2")) %>% mutate(ID_Carto = ID_2-1) %>% 
    mutate(ID_Carto = as.character(ID_Carto))
depCartoData <- fortify(depCarto) 
depCartoData <- left_join(depCartoData, FRA_adm2, by = c("id"="ID_Carto"))
depCartoData <- left_join(depCartoData, dept2016, by =c("NAME_2"="NCCENR")) %>% select(-c(hole, piece, NAME_2, REGION))

# Ajout des données du jour
dataNxCasDepDateJ <- dataNxCasDepDate %>% filter(jour == date_21 |jour == date_14 |jour==date_7 | jour == dateTitre)
depCartoDataJ <-left_join(depCartoData,dataNxCasDepDateJ, by =c("DEP"="dep")) 
mapFRJ <-ggplot() +
  geom_polygon(data = depCartoDataJ, 
               aes(x = long, y = lat, group = group, fill = nxHopsCat), 
               color = "black", size = 0.25) + coord_equal()+
  scale_fill_brewer(palette = "OrRd", "légende\ncouleurs")+
  labs(title="Nouvelles hospitalisations", caption = sourceFR)+
  theme( 
    panel.grid.major = element_blank(),
    axis.text = element_blank(),
    axis.ticks= element_blank(), 
    axis.title = element_blank())+
  facet_wrap(~ jour, ncol = 2)+coord_map("mercator")
mapFRJ

ggsave(mapFRJ, file=paste("Suivi hospitalisation", dateTitre,".pdf"))