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Covid-19 : Suivi de la progression de l’épidémie dans le monde, avec R

7 mai 2020 – En ces temps de confinement, l’équipe travaille bien entendu en remote, et suit avec attention l’évolution de cette épidémie qui met en danger toutes les populations humaines et gèle nos économies. Et puisque nous ne sommes pas des épidémiologistes, non nous gardons bien d’ajouter sur le sujet des informations dont nous ne saurions garantir la fiabilité.

Mais une part de notre métier étant l’analyse de données, il nous a paru utile de présenter les données telles qu’elles sont offertes par le site de l’Agence Européenne European Centre for Disease Prevention and Control, chaque jour, et pour l’ensemble du monde, à l’adresse suivante  https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/download-todays-data-geographic-distribution-covid-19-cases-worldwide.

Nous tenons à jour cette page depuis le 1 avril 2020.

Ces données étant téléchargeable automatiquement, voici un code R qui génèrera les 6 graphes de suivi de l’épidémie disponibles plus bas :

Sélectionner ce programme dans votre fenêtre R ouverte et activée.

  • En tapant : data sous R, apparait le fichier traité, avec les données.
  • En tapant : data0 toujours sous R, c’est le fichier complet de l’Agence qui est donné par R.
  • Les pays sélectionnés sont ceux qui nous semblent les plus intéressants à comparer à la situation française; vous pouvez modifier en relevant la façon dont le nom a été défini par l’Agence en regardant dans le fichier complet.
  • Les lignes pointillées verticales, avec la couleur correspondante au pays, correspondent à la date de confinement.

Obtenir les 6 graphes :

Les cas confirmés, tels que rapportés dans le site de l’Agence, actualisés.

Les cas confirmés, mais maintenant ramenés au même point de départ, ici le jour du 100° cas confirmé. Les pays n’en sont pas tous à la même durée de propagation de l’épidémie, mais les tendances et les différences apparaissent.

Les cas confirmés déclarés chaque jour; cet indicateur est plus réactif, et donne mieux les tendances.

Les décès cumulés par pays, en fonction de leur dates; le démarrage de l’épidémie n’est pas au même moment partout. Le graphe suivant est identique à celui-ci à ceci près que l’échelle des ordonnées est logarithmique, ce qui donne une meilleure vision des progressions et aide la comparaison.

Toujours les décès par pays, cumulés, mais ramenés au même point de départ, à savoir le jour du 10° décès, afin de mieux comparer les progressions; la droite oblique pointillée donne une idée de la progression (2 fois plus de décès tous les 3 jours).

Les décès journaliers, afin de mieux visualiser les tendances et les évolutions.

  • Nous n’offrons sur ces courbes aucune interprétation, ce n’est pas notre compétence.
  • Mais comme nous sommes vigilants, nous suivons régulièrement l’évolution : ce code et ses résultats sera mis à jour régulièrement en fonction de l’évolution des valeurs pour que les graphes restent correctement dimensionnés.

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